はい、独自ドメインにてサイトを運営することが可能です。
各プラン、設定可能な独自ドメインの個数は次の通りです。

フリープラン	1個
フリー PHP+MySQLプラン
フリー 容量増加プラン

ドメインの取得については、同じネットオウルサービスである「スタードメイン」から取得していただくと、スムーズな連携が可能です。